paco

http://paco.sourceforge.net/

/usr/localなんかにインストールされるファイルをパッケージ単位で管理することが出来るツール。GUIで管理できるgpacoも付属してます。

stow
http://www.gnu.org/software/stow/stow.html
よりも管理が簡単でいいですね。早速Lua5.1とtolua++をインストールしてみました。ちゃんと削除ができることも確認しました。良い具合です。